История игры начинается через несколько лет после окончания событий первой части. «Вернувшись в родной Вавилон, Принц обнаруживает, что за ним охотится сверхъестественное создание Dahaka – перевоплощение самой Судьбы, жаждущее лишь одного: скорейшей смерти того, кто его потревожил. Принц позабыл, что во время спасения дворца султана, ему ненароком удалось прорвать единое Полотно Времени, вызвав тем самым в наш мир пришествие ужасного демона…
В России идет гражданская война. Через деревню "Гадюкино" проходит линия фронта. Река Урал делит «Гадюкино» на две части: в одной кое-как обустроила свой быт доблестная Красная Армия во главе с дивизией Чапаева, в другой с комфортом расположились недобитые белогвардейские генералы с остатками своих трусливых войск
В The Old City: Leviathan нет ни одной головоломки или сражения, вместо чего разработчики вложили все усилия в создание сюжета с философским подтекстом, что часто игнорируется другими играми.
